Dwie siostry, kobiety po trzydziestce, wracają pociągiem do kraju w towarzystwie synka młodszej z nich, Johana. Starsza Ester jest intelektualistką, ma w sobie coś władczego i męskiego, choruje i wie, że jej dni są policzone. Anna jest jej całkowitym przeciwieństwem, reprezentuje instynkt, zmysłowość, cielesność i witalność. Łączące je niegdyś więzy uczuciowe są w stanie rozpadu. Kobiety gnębione przez rozpacz i seksualne frustracje dręczą się nawzajem i prowokują. Kraj, w którym robią przerwę w podróży, jest w stanie przygotowań do wojny, ludzie rozmawiają w nieznanym im języku, wielki hotel, w którym mieszkają, jest prawie pusty. Oscylujący między matką (u której szuka emocjonalnego i fizycznego bezpieczeństwa) a ciotką (do której zwraca się o pomoc w intelektualnym rozwiązaniu zagadek świata) Johan wyrusza sam, wobec niezaspokojenia jego potrzeb, na poznawczy rekonesans przez labirynt hotelu. Jego przeżycia, swoisty tajemny rytuał inicjacji, koncentrują się wokół niedostępnej doświadczeniu chłopca tajemnicy seksu...
"Milczenie" jest trzecim obrazem z tak zwanej "trylogii wiary" (poprzednie to "Jak w zwierciadle" i "Goście Wieczerzy Pańskiej"). Bergman mówił, że jest to film o milczeniu Boga w świecie pełnym udręczonych ludzi i o potrzebie miłości, której nie są w stanie zaspokoić seksualne namiastki. Krytycy częściej kładli nacisk na milczenie ludzi, na samotność, wyobcowanie, brak łączności duchowej i zrozumienia dla bliźnich. Jedyną smugę nadziei do owego kipiącego nienawiścią i pozbawionego elementarnej więzi międzyludzkiej egzystencjalnego piekła wnosi dziesięcioletni chłopiec, którego spojrzenie oprowadza nas po enigmatycznym świecie tego filmu.
"Milczenie" to obraz świata osieroconego po śmierci Boga, która dokonała się w "Gościach Wieczerzy Pańskiej". Rozgrywając ciąg dalszy osobistego kryzysu światopoglądowego autora w onirycznej przestrzeni jego wyobraźni, film był jednocześnie bardzo wnikliwym komentarzem artysty na temat duchowej kondycji szwedzkiego społeczeństwa w latach materialnej prosperity i liberalnej rewolucji obyczajowej. "...tutaj, w Szwecji, - mówił w jednym z wywiadów Bergman - mamy wszystko. Albo raczej żyjemy w złudzeniu, że mamy wszystko. Ale pośrodku tej pełni życia mamy wielką pustkę, utraconą iluzję Boga, czy jak to nazwać, mniejsza z tym, mamy potrzebę bezpieczeństwa duchowego, które powetuje wszelkie niedostatki bezpieczeństwa materialnego, socjalnego. To tę pustkę i to wszystko, co ludzie wymyślają, aby ją zapełnić, opisuję w moich filmach i uważam, że jest to sposób na tworzenie filmów zaangażowanych we współczesne problemy, a nawet w jedyny problem fundamentalny: jak nadać duchowy czy ludzki sens cywilizacji materialnego szczęścia. W każdym razie jest to mój problem osobisty".
Jedyną odpowiedzią Bergmana na owo poczucie aksjologicznej próżni u współczesnego człowieka, ostatnią nadzieją na duchowe przetrwanie jest możliwość elementarnego spoiwa wspólnoty międzyludzkiej: tworzy je nieśmiertelna muzyka Bacha (tylko w jednej scenie, gdy w radio brzmią jego Wariacje Goldbergowskie, na-stępuje zawieszenie broni między siostrami) i słowo (sporządzony przez umierającą Ester słownik kilku wyrazów to jej testament i ostatni gest obrony przed nicością).
Ogromny światowy sukces ascetycznego i przygnębiającego "Milczenia", realizowanego oszczędnie i w pośpiechu (zdjęcia trwały zaledwie 40 dni, niektóre sceny uliczne kręcono z czterech kamer, by zyskać na czasie), zaskoczył producentów i reżysera. Wiadomo jednak, że o wysokiej frekwencji zdecydowały w dużej mierze niespotykane wówczas w kinie drastyczne sceny erotyczne. Choć są one integralnym składnikiem atmosfery filmu i przedstawiają seks zastępczy, bezładny i odpychający - Bergmana oskarżano o pornografię, nękano listownymi pogróżkami i obelgami. "Pośród wszystkich tych protestów - mówił rozgoryczony - temat filmu, jak zwykle, zniknął z pola widzenia".